該協會的前身是於1912年6月13日成立的「克羅地亞體育聯合會」(Hrvatski športski savez)足球部門,當時克羅地亞仍然屬於奧匈帝國的一部分。第一次世界大戰結束後,奧匈帝國解體,南斯拉夫王國成立,多家俱樂部在薩格勒布舉行會議,成立南斯拉夫足球協會(英語:Football Association of Yugoslavia),繼承克羅地亞體育聯合會足球部門的工作,隨後該協會成為南斯拉夫王國全境的足球管理機構。1929年,該協會因與貝爾格萊德分會的矛盾而解散,次年南斯拉夫足球協會在貝爾格萊德重建,而克羅地亞足球協會則到了1939年克羅地亞省建立後才得以重建。