该协会的前身是于1912年6月13日成立的“克罗地亚体育联合会”(Hrvatski športski savez)足球部门,当时克罗地亚仍然属于奥匈帝国的一部分。第一次世界大战结束后,奥匈帝国解体,南斯拉夫王国成立,多家俱乐部在萨格勒布举行会议,成立南斯拉夫足球协会(英语:Football Association of Yugoslavia),继承克罗地亚体育联合会足球部门的工作,随后该协会成为南斯拉夫王国全境的足球管理机构。1929年,该协会因与贝尔格莱德分会的矛盾而解散,次年南斯拉夫足球协会在贝尔格莱德重建,而克罗地亚足球协会则到了1939年克罗地亚省建立后才得以重建。