戴维·贝克

戴维·贝克
David Baker
戴维·贝克 ; David Baker
	2013年
出生	1962年10月6日（62歲）; 美国華盛頓州西雅圖
母校	加利福尼亚大学伯克利分校; 加利福尼亚大学旧金山分校;
知名于	蛋白质设计（英语：Protein design）; 蛋白质结构预测; Rosetta@home; Fold.it;
配偶	汉内尔·罗霍拉-贝克（英语：Hannele Ruohola-Baker）
奖项	贝克曼青年研究员奖（英语：Beckman Young Investigators Award）（1995）; 奥弗顿奖（英语：Overton Prize）（2002）; 费曼纳米技术奖（英语：Feynman Prize in Nanotechnology）（2004）; 生命科学突破奖（2021）; 威利奖（2022）; BBVA基金会知识前沿奖（英语：BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award）（2022）; 诺贝尔化学奖（2024）;
网站	www.bakerlab.org
	科学生涯
研究领域	计算生物学
机构	華盛頓大學; 霍华德·休斯医学研究所;
博士導師	兰迪·谢克曼
其他指导者	大衛·阿加德（英语：David Agard）
博士生	理查·博諾（英语：Richard Bonneau）
其他著名學生	布莱恩·库尔曼（英语：Brian Kuhlman）; 塔尼娅·科特梅（英语：Tanja Kortemme）

戴维·贝克（英語：David Baker，1962年10月6日—），美国生物化学家、计算生物学家，他开创了设计蛋白质（英语：Protein design）和预测其三维结构的方法。^[2]他是霍华德·休斯医学研究所研究员、华盛顿大学亨丽埃塔和奥布里·戴维斯生物化学教授，华盛顿大学基因组学、生物工程、化学工程、计算机科学和物理学副教授。贝克等人研发的人工智能程序现在在很大程度上解决了蛋白质结构预测的问题。他还是美国国家科学院院士，华盛顿大学蛋白质设计研究所所长。

2024年，贝克因开发RossetaFold荣获诺贝尔化学奖^[3]^[4] 。

生平

1962年10月6日，戴维·贝克出生于美国华盛顿州西雅图。1984年获得哈佛大学的本科学位。1989年在加州大学伯克利分校兰迪·谢克曼的实验室获得了生物化学博士学位，主要研究酵母中的蛋白质运输。1993年，他在加州大学旧金山分校跟随David Agard一起完成了生物物理学博士后培训。贝克于1993年进入华盛顿大学医学院生物化学系任教，2000年成为霍华德·休斯医学研究所研究员^[5]，2009年当选美国文理科学院院士^[6]。

研究

贝克以开发预测及设计蛋白质结构与功能的计算方法而知名，同时主导着一个活跃的生物化学实验小组^[2]，学术生涯出版过600多篇论文^[7]。

贝克团队研发出从头预测蛋白质结构的Rosetta算法，该算法后来发展成分布式计算项目Rosetta@home，一个用于蛋白质设计（英语：protein design）的工具^[2]^[8]^[9]，也衍生出一款名为Foldit的电子游戏^[10]^[11]^[12]。贝克曾担任Rosetta Commons主任，该组织是由众多实验室和研究人员组成的联盟，他们负责开发预测及设计生物分子结构预测的软件。贝克团队也经常参与结构预测比赛CASP，专攻从头计算法，包括Rosetta协议手动辅助版和自动运行版^[13]^[14]。

贝克团队也活跃于蛋白质设计（英语：protein design）领域^[2]^[15]，最知名的研究成果是设计出首个拥有新式折叠的人工蛋白质Top7（英语：Top7）^[16]。

贝克与他人成立多家生物技术公司，包括2001年被礼来子公司收购的Prospect Genomics、2023年被阿斯利康收购的Iscosavax^[17]、Sana Biotechnology、Lyell Immunotherapeutics和Xaira Therapeutics。

奖项

1995年：贝克曼青年研究员奖（英语：Beckman Young Investigators Award） ^[1]
2002年：奥弗顿奖（英语：Overton Prize）^[18]
2004年：纽科姆·克利夫兰奖（英语：Newcomb Cleveland Prize）^[19]
2004年：费曼纳米技术奖（英语：Feynman Prize in Nanotechnology）^[20]
2008年：赛克勒奖^[21]
2021年：生命科学突破奖^[22]
2022年：威利奖^[23]
2022年：BBVA基金会知识前沿奖（英语：BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award）^[24]
2024年：時代雜誌首届健康领域最具影响力100人榜单^[25]
2024年：诺贝尔化学奖^[3]^[4]

参考资料

^ ^1.0 ^1.1 David Baker. Arnold and Mabel Beckman Foundation. [2018-08-01]. （原始内容存档于2018-08-02）.
^ ^2.0 ^2.1 ^2.2 ^2.3 Howes, Laura. Protein wrangler, serial entrepreneur, and community builder. Chemical & Engineering News.
^ ^3.0 ^3.1 The Nobel Prize in Chemistry 2024. Nobel Media AB. [2024-10-09]. （原始内容存档于2024-10-09）.
^ ^4.0 ^4.1 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2024. NobelPrize.org. [2024-10-09]. （原始内容存档于2024-10-09）（美国英语）.
^ David Baker, PhD. hhmi.org. Howard Hughes Medical Institute. [2024-09-30] （英语）.
^ Book of Members, 1780-2010: Chapter B (PDF). American Academy of Arts and Sciences. [2011-05-05].
^ 由Google学术搜索索引的戴维·贝克出版物
^ Castillo, Oscar; Melin, Patricia; Kacprzyk, Janusz (编). Fuzzy Logic Augmentation of Neural and Optimization Algorithms: Theoretical Aspects and Real Applications. Springer. 2018: 455 [2018-08-02]. ISBN 9783319710075.
^ Bonneau, Richard; Ruczinski, Ingo; Tsai, Jerry; Baker, David. Contact order and ab initio protein structure prediction. Protein Science. August 2002, 11 (8): 1937–1944. PMC 2373674 . PMID 12142448. doi:10.1110/ps.3790102.
^ Hand, E. Citizen science: People power. Nature. 2010, 466 (7307): 685–687. PMID 20686547. doi:10.1038/466685a .
^ Cooper, S.; Khatib, F.; Treuille, A.; Barbero, J.; Lee, J.; Beenen, M.; Leaver-Fay, A.; Baker, D.; Popović, Z.; Players, F. Predicting protein structures with a multiplayer online game. Nature. 2010, 466 (7307): 756–760. Bibcode:2010Natur.466..756C. PMC 2956414 . PMID 20686574. doi:10.1038/nature09304.
^ Marshall, Jessica. Victory for crowdsourced biomolecule design. Nature Publishing Group. 2012-01-22 [2024-09-30].
^ Dimaio, F.; Terwilliger, T. C.; Read, R. J.; Wlodawer, A.; Oberdorfer, G.; Wagner, U.; Valkov, E.; Alon, A.; Fass, D.; Axelrod, H. L.; Das, D.; Vorobiev, S. M.; Iwaï, H.; Pokkuluri, P. R.; Baker, D. Improved molecular replacement by density- and energy-guided protein structure optimization. Nature. 2011, 473 (7348): 540–3. Bibcode:2011Natur.473..540D. PMC 3365536 . PMID 21532589. doi:10.1038/nature09964.
^ Qian, B.; Raman, S.; Das, R.; Bradley, P.; McCoy, A. J.; Read, R. J.; Baker, D. High-resolution structure prediction and the crystallographic phase problem. Nature. 2007, 450 (7167): 259–64. Bibcode:2007Natur.450..259Q. PMC 2504711 . PMID 17934447. doi:10.1038/nature06249.
^ Zimmer, Carl. Scientists Are Designing Artisanal Proteins for Your Body. The New York Times. 2017-12-26 [2018-08-02].
^ Kuhlman, Brian; Dantas, Gautam; Ireton, Gregory C.; Varani, Gabriele; Stoddard, Barry L.; Baker, David. Design of a Novel Globular Protein Fold with Atomic-Level Accuracy. Science. 2003-11-21, 302 (5649): 1364–1368. Bibcode:2003Sci...302.1364K. PMID 14631033. S2CID 1939390. doi:10.1126/science.1089427.
^ Soper, Taylor. AstraZeneca will pay up to $1.1B to acquire Icosavax, a Univ. of Washington biotech spinout. GeekWire. 2023-12-12 [2024-10-01].
^ 2002 Overton Prize Winner - David Baker. iscb.org. International Society for Computational Biology. [2024-09-30].
^ Newcomb Cleveland Prize Recipients. aaas.org. [2024-09-30]. （原始内容存档于2023-12-11）.
^ Winners of the 2004 Feynman Prizes in Nanotechnology. foresight.org. [2024-09-30]. （原始内容存档于2024-10-09）.
^ Leila Gray. University of Washington biochemist David Baker to receive 2008 Sackler International Prize in Biophysics for discoveries in protein folding. University of Washington. 2008-11-24 [2013-04-29].
^ Breakthrough Prize – Winners Of The 2021 Breakthrough Prizes In Life Sciences, Fundamental Physics And Mathematics Announced. breakthroughprize.org. [2021-12-13]. （原始内容存档于2021-01-26）.
^ The Wiley Prize in Biomedical Sciences. wiley.com. [2024-09-30]. （原始内容存档于2023-03-14）.
^ BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award 2022. [2023-01-25]. （原始内容存档于2021-09-21）.
^ Henshall, Will. David Baker. Time. Time Magazine. 2024-05-02 [2024-09-30]. （原始内容存档于2024-10-09）（英语）.

外部链接

Scholia上有關大衛·貝克 (生化學家)（Q3814528）的信息

David Baker online talk: "Crowd Sourcing Protein Folding: Rosetta@Home and FoldIt" 互联网档案馆的存檔，存档日期2017-07-02.
David Baker online seminar: "Introduction to Protein Design" 互联网档案馆的存檔，存档日期2016-04-01.
David Baker online seminar: "Design of New Protein Functions" 互联网档案馆的存檔，存档日期2016-04-01.
5 challenges we could solve by designing new proteins , a TED talk by David Baker

[beckman-1] 1.0 ^1.1 David Baker. Arnold and Mabel Beckman Foundation. [2018-08-01]. （原始内容存档于2018-08-02）.

[CEN-2] 2.0 ^2.1 ^2.2 ^2.3 Howes, Laura. Protein wrangler, serial entrepreneur, and community builder. Chemical & Engineering News.

[NobelPrize_2024_Summary-3] 3.0 ^3.1 The Nobel Prize in Chemistry 2024. Nobel Media AB. [2024-10-09]. （原始内容存档于2024-10-09）.

[NobelPrize_2024_Press_release-4] 4.0 ^4.1 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2024. NobelPrize.org. [2024-10-09]. （原始内容存档于2024-10-09）（美国英语）.

[5] David Baker, PhD. hhmi.org. Howard Hughes Medical Institute. [2024-09-30] （英语）.

[AAAS-6] Book of Members, 1780-2010: Chapter B (PDF). American Academy of Arts and Sciences. [2011-05-05].

[7] 由Google学术搜索索引的戴维·贝克出版物

[Castillo-8] Castillo, Oscar; Melin, Patricia; Kacprzyk, Janusz (编). Fuzzy Logic Augmentation of Neural and Optimization Algorithms: Theoretical Aspects and Real Applications. Springer. 2018: 455 [2018-08-02]. ISBN 9783319710075.

[Bonneau-9] Bonneau, Richard; Ruczinski, Ingo; Tsai, Jerry; Baker, David. Contact order and ab initio protein structure prediction. Protein Science. August 2002, 11 (8): 1937–1944. PMC 2373674 . PMID 12142448. doi:10.1110/ps.3790102.

[10] Hand, E. Citizen science: People power. Nature. 2010, 466 (7307): 685–687. PMID 20686547. doi:10.1038/466685a .

[11] Cooper, S.; Khatib, F.; Treuille, A.; Barbero, J.; Lee, J.; Beenen, M.; Leaver-Fay, A.; Baker, D.; Popović, Z.; Players, F. Predicting protein structures with a multiplayer online game. Nature. 2010, 466 (7307): 756–760. Bibcode:2010Natur.466..756C. PMC 2956414 . PMID 20686574. doi:10.1038/nature09304.

[12] Marshall, Jessica. Victory for crowdsourced biomolecule design. Nature Publishing Group. 2012-01-22 [2024-09-30].

[13] Dimaio, F.; Terwilliger, T. C.; Read, R. J.; Wlodawer, A.; Oberdorfer, G.; Wagner, U.; Valkov, E.; Alon, A.; Fass, D.; Axelrod, H. L.; Das, D.; Vorobiev, S. M.; Iwaï, H.; Pokkuluri, P. R.; Baker, D. Improved molecular replacement by density- and energy-guided protein structure optimization. Nature. 2011, 473 (7348): 540–3. Bibcode:2011Natur.473..540D. PMC 3365536 . PMID 21532589. doi:10.1038/nature09964.

[14] Qian, B.; Raman, S.; Das, R.; Bradley, P.; McCoy, A. J.; Read, R. J.; Baker, D. High-resolution structure prediction and the crystallographic phase problem. Nature. 2007, 450 (7167): 259–64. Bibcode:2007Natur.450..259Q. PMC 2504711 . PMID 17934447. doi:10.1038/nature06249.

[Zimmer-15] Zimmer, Carl. Scientists Are Designing Artisanal Proteins for Your Body. The New York Times. 2017-12-26 [2018-08-02].

[Kuhlman-16] Kuhlman, Brian; Dantas, Gautam; Ireton, Gregory C.; Varani, Gabriele; Stoddard, Barry L.; Baker, David. Design of a Novel Globular Protein Fold with Atomic-Level Accuracy. Science. 2003-11-21, 302 (5649): 1364–1368. Bibcode:2003Sci...302.1364K. PMID 14631033. S2CID 1939390. doi:10.1126/science.1089427.

[17] Soper, Taylor. AstraZeneca will pay up to $1.1B to acquire Icosavax, a Univ. of Washington biotech spinout. GeekWire. 2023-12-12 [2024-10-01].

[18] 2002 Overton Prize Winner - David Baker. iscb.org. International Society for Computational Biology. [2024-09-30].

[19] Newcomb Cleveland Prize Recipients. aaas.org. [2024-09-30]. （原始内容存档于2023-12-11）.

[20] Winners of the 2004 Feynman Prizes in Nanotechnology. foresight.org. [2024-09-30]. （原始内容存档于2024-10-09）.

[21] Leila Gray. University of Washington biochemist David Baker to receive 2008 Sackler International Prize in Biophysics for discoveries in protein folding. University of Washington. 2008-11-24 [2013-04-29].

[22] Breakthrough Prize – Winners Of The 2021 Breakthrough Prizes In Life Sciences, Fundamental Physics And Mathematics Announced. breakthroughprize.org. [2021-12-13]. （原始内容存档于2021-01-26）.

[23] The Wiley Prize in Biomedical Sciences. wiley.com. [2024-09-30]. （原始内容存档于2023-03-14）.

[24] BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award 2022. [2023-01-25]. （原始内容存档于2021-09-21）.

[25] Henshall, Will. David Baker. Time. Time Magazine. 2024-05-02 [2024-09-30]. （原始内容存档于2024-10-09）（英语）.

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