人吉藩（日语：人吉藩／ひとよしはん Hitoyoshi han */?）是日本肥后國部球磨地方的一個藩。藩廳是人吉城。
1193年相良氏創立，經歷過室町時代及戰國時代成為了戰國大名，然後成為江戶時代的藩主，直到廢藩置縣為止。
1587年，豐臣秀吉大軍入侵九州，家臣深水長智向秀吉訴苦，成為了秀吉的家臣，因而保留了領地。1600年關原之戰期間，支持石田三成，戰後受秋月種長、高橋元種的影響下而向德川家康叛變，結果保住了領地。
1871年廢藩置縣後為人吉縣。然後成為八代縣、白川縣後，成為了熊本縣的一部份。1884年以子爵身份封為華族。
外樣 22,000石