重疊延伸聚合酶連鎖反應

重疊延伸聚合酶連鎖反應（英文：overlap extension polymerase chain reaction或OE-PCR），是PCR的一種，也稱重合拼接PCR。它改變小DNA片段部分序列的來拼接成大的多聚核苷酸。本頁面默認讀者熟知聚合酶連鎖反應（PCR）。

DNA分子拼接

重疊拼接聚合酶連鎖反應（OE-PCR）可以用於拼接兩個DNA分子（分別為紅色和藍色）。箭頭代表3' 端

在大部分PCR反應中，每個DNA序列擴增需要一對引子。而拼接2個DNA序列，可以使用末端可以連接的特殊引子。設計引子使一個DNA分子的5' 端重複序列與另一個DNA分子的3' 端有同源互補序列。在接下來的退火延伸的過程中，一旦兩個DNA單鏈末端隨機互補橋接，DNA聚合酶會沿著暫時橋接上的長DNA單鏈補全鹼基，從而形成完整的拼接後DNA雙鏈。一旦一個拼接好的DNA分子形成後，只有拼接DNA末端引子能夠繼續進行PCR反應，而單獨擴增出的DNA小片段會作為引子擴增出拼接DNA。這樣，兩段DNA序列就會拼接到一起並擴增。這個DNA拼接方法的好處是不需要限制酶位點即可連接DNA分子。

如果使用過量引子可能提高DNA擴增產量。

這種DNA的拼接方法的應用之一是在載體中插入DNA片段。具體方法為，首先，使用合適的正反向引子對DNA插入片段進行PCR克隆得到最終的PCR產物，產物兩端的序列與載體重疊。然後將載體和片段混合。變性退火之後，插入片段與載體雜交並在Phusion DNA聚合酶的驅動下延伸——這種聚合酶一個重要的特點是在使用載體作為模板時沒有鏈置換活性。幾輪PCR循環後，得到的產物是帶有兩個缺口的融合質體（每條鏈一個）。然後使用這種新質體轉化大腸桿菌感受態細胞，轉化後大腸桿菌細胞中的DNA修復酶可以封住缺口。

引入序列變異

OE-PCR可以被用於刪除DNA片段

如果設計特殊引子，重疊延伸PCR也能夠用來在DNA序列中引入變異。引子可以有一個單點突變或在5' 端加入一段新的序列。如果需要刪除片段，從刪除位點兩段設計兩對引子，靠近刪除片段兩個引子的為5' 端，加入刪除目標片段後的序列並保持互補性，3' 端不變，進行OE-PCR，即可擴增出目的DNA。擴增後，根據情況可是使用凝膠電泳分離變異片段，並回收進行下一步實驗。

合成長度大於110的寡核苷酸鏈是非常困難的，所以重疊延伸PCR提供了很好的解決方法。按照上述DNA分子拼接的方法，最終產物只有無互補序列的DNA雙鏈，從而達到合成長核苷酸鏈的目的。