比較分子場方法

比較分子場方法（Comparative Molecular Field Analysis)，減縮寫為CoMFA,是一種理論藥物化學的計算方法。

相比傳統的QSAR方法只考慮分子的二維結構資訊，要求化合物屬於同系物，有相同的基本骨架。

而CoMFA是一種三維QSAR方法，能分析分子的三維結構，從而能夠分析生物活性。

CoMFA主要是立體場和靜電場。其工作步驟如下：

1. 數據準備：選擇有相同作用機制的一系列已知化合物，優化其三維結構，確定藥效構象。
2. 分子疊合和網格產生：按照一定的規則將化合物疊合在一起，並在其周圍產生幾百上千的網格點，該網格能包容所有疊合的分子。
3. 計算能量場：以小分子或基團作探針，計算探針在每個網格點上與每個化合物的立體作用能和靜電作用能，這些能量值組成自變量矩陣。
4. 用偏最小二乘回歸建立3D-QSAR模型
5. 結果顯示：用三維等值線圖顯示計算結果，用不同的顏色直觀表明化合物各部位立體或靜電性質的變化對活性的影響，指導化合物的設計。
6. 活性預測：用QSAR模型預測新化合物的活性。