兩司馬，古代武官職稱名，清末太平天國時期為基層武官官職。
《周禮》所載兵制，以二十五人為兩，以中士任兩司馬。五家為比，五比為閭，閭胥即為兩司馬領之，掌一閭之政事戒令。
兩司馬為太平天國時期的基層官職，由於太平天國建國至滅亡時間過短，所以行政與軍職未完全脫勾，所以行政體系的基礎單位便是兩司馬。
依《天朝田畝制》、《太平軍目》等文件所述，兩司馬管制5伍（5人一伍，伍長一員，伍員4人），共轄25人，這是軍隊中。在地方行政上，兩司馬下不設伍長，管轄的是25家人，並負責管理聖庫及對所轄下的日常事務及訴訟等進行領導管理，如：禮拜、彌月、婚喪嫁娶等等。