菌落计数器（Colony counter），是一种细菌检验仪器，可自动计算菌落数目。菌落计数器常应用于食品科学及医学检验。
“滤膜法”之菌落计数器可使用放大10-15倍的双筒实体显微镜，光源为日光色萤光灯，光源方向为菌落上方60~80度，避免产生反射影响判读。“混合稀释法”和“涂抹法”之菌落计数器可使用魁北克式的菌落计数器，视野以黑色背景并有放大效果为佳。
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