亲水指数

某种氨基酸的亲水指数（hydropathy index）是一个描述其支链的亲水性或疏水性程度大小的值。“亲水指数”于1982年被Jack Kyte与Russell Doolittle提出。亲水指数越大，这种氨基酸的疏水性就越强。

亲水指数是根据蒸汽至水相转移的Δ_trG_m^ɵ以及在形成蛋白质时氨基酸在表面和内部的分布测算的。疏水性最强的两种氨基酸分别是异亮氨酸（亲水指数为4.5）与缬氨酸（亲水指数为4.2）；亲水性最强的两种氨基酸分别是精氨酸（亲水指数为-4.5）和赖氨酸（亲水指数为-3.9）。

20种常见氨基酸的亲水指数（基于Kyte与Doolittle的数据，缩写符号参见氨基酸)

R	K	N	D	Q	E	H	P	Y	W	S	T	G	A	M	C	F	L	V	I
-4.5	-3.9	-3.5	-3.5	-3.5	-3.5	-3.2	-1.6	-1.3	-0.9	-0.8	-0.7	-0.4	1.8	1.9	2.5	2.8	3.8	4.2	4.5

Eisenberg consensus scale（ECS）提供的20种常见氨基酸的亲水指数

R	K	D	Q	N	E	H	S	T	P	Y	C	G	A	M	W	L	V	F	I
-2.5	-1.5	-0.90	-0.85	-0.78	-0.74	-0.40	-0.18	-0.05	0.12	0.26	0.29	0.48	0.62	0.64	0.81	1.1	1.1	1.2	1.4

用途

亲水指数在蛋白质结构的研究中十分重要。具有疏水性的氨基酸在蛋白质的三维结构中更常见于蛋白质的内部，而具有亲水性的氨基酸更常出现在蛋白质的表面。

另一个重要用途是预测膜蛋白在细胞膜中的分布。如果发现膜蛋白有连续二十个左右的氨基酸都具有较强的疏水性，那么很有可能这一段氨基酸是膜蛋白横跨细胞膜的部分。