非蛋白氨基酸
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非蛋白氨基酸是生物化學上指在蛋白質內找不到（例如：肉鹼、GABA和L-DOPA），或沒有被標準遺傳密碼編碼的其他氨基酸。
儘管在合成蛋白質時只會用到21種氨基酸（真核細胞只會用20種[note 1]），事實上目前已經知道還有另外超過300種的天然氨基酸，而相信窮盡所有組合，這數目可以數以千計[1]。 在所有的非蛋白氨基酸當中，有部份較為值得注意，因為下列各種原因：
- 是生物合成的中間體；
- 於轉譯後修飾作用加進蛋白質內；
- 有其生理學角色（例如：可以成為細菌的細胞壁的肽聚糖、神經遞質及毒素）
- 是天然及人工合成的藥用化合物
- 存在於隕石或生命起源實驗（例如：米勒-尤里實驗）中所發現的）
通過否定來定義
在技術上，任何具有胺（-NH2）和羧酸（-COOH）官能團的有機化合物都是氨基酸。 蛋白氨基酸是該組的一小部分，具有帶有一個氨基，一個羧基，一個側鏈和一個α-氫左旋構象的中心碳原子（α-或2-），甘氨酸除外， 非氨基和脯氨酸，其氨基是仲胺，因此由於傳統原因通常被稱為亞氨基酸，儘管不是亞氨基。
遺傳密碼編碼20種標準氨基酸，用於在翻譯過程中摻入蛋白質中。 然而，有兩種額外的蛋白質氨基酸：硒代半胱氨酸和吡咯離胺酸。 這些非標準氨基酸不具有專用密碼子，但是當存在特測序列時，加入代替終止密碼子，硒代半胱氨酸的UGA密碼子和SECIS元件[2]，吡咯離胺酸的UAG PYLIS下游序列[3]。 所有其他氨基酸被稱為「非蛋白原性」。
-
硒代半胱氨酸。 該氨基酸在其β-碳上含有硒醇基團 -
吡咯離胺酸。 該氨基酸通過與賴氨酸的羧基吡咯啉環的ε-氨基連接而形成
有各種氨基酸組[4]：
- 20種標準氨基酸
- 22種蛋白質氨基酸
- 超過80個氨基酸是由高濃度非生物創建
- 大約900個是由自然途徑產生的
- 超過118種被工程化氨基酸被置於蛋白質中
參考文獻
- ^ Ambrogelly, A.; Palioura, S.; Söll, D. Natural expansion of the genetic code. Nature Chemical Biology. 2007, 3 (1): 29–35. PMID 17173027. doi:10.1038/nchembio847.
- ^ Böck, A.; Forchhammer, K.; Heider, J.; Baron, C. Selenoprotein synthesis: An expansion of the genetic code. Trends in Biochemical Sciences. 1991, 16 (12): 463–467. PMID 1838215. doi:10.1016/0968-0004(91)90180-4.
- ^ Théobald-Dietrich, A.; Giegé, R.; Rudinger-Thirion, J. L. Evidence for the existence in mRNAs of a hairpin element responsible for ribosome dependent pyrrolysine insertion into proteins. Biochimie. 2005, 87 (9–10): 813–817. PMID 16164991. doi:10.1016/j.biochi.2005.03.006.
- ^ Lu, Y.; Freeland, S. On the evolution of the standard amino-acid alphabet. Genome Biology. 2006, 7 (1): 102. PMC 1431706
. PMID 16515719. doi:10.1186/gb-2006-7-1-102.
