墨脫一帶古稱「白瑪崗」(藏語:པད་མ་སྒང,威利轉寫:pad ma sgang)或「博隅白馬崗」(藏語:སྦས་ཡུལ་པད་མ་སྒང,威利轉寫:sbas yul pad ma sgang),意為「蓮花秘境」。618年吐蕃控制了珞瑜地區,十八世紀前期,門巴族開始從門隅和主隅地區東遷入墨脫的珞巴族地區。清乾隆四十五年(1780年),八世達賴喇嘛強白嘉措派塔布地區達拉甘布寺的喇嘛甘布巴到白瑪崗傳教,建立了仁青崩寺。清光緒七年(1881年)波密土王在墨脫地東村設立地東宗,下設5措,因地東缺水,1919年將宗政府遷至墨脫村,並改地東宗為墨脫宗。1930年,噶廈政府擊敗波密土王,將格當地區分給松宗寺管轄,把幫辛地區分給傾多寺管轄,將墨脫地區分給色拉寺管轄,三寺各自建宗。1951年4月25日,中國人民解放軍第18軍將波密、珞瑜、工布三地區劃屬波密分工委管轄。1959年7月23日,墨脫縣屬塔工分工委所轄,同年8月27日,墨脫縣委、縣政府在米林縣派區正式成立。1960年2月24日,塔工分工委改名林芝分工委,墨脫縣屬其管轄。1964年7月,墨脫縣劃歸拉薩市管轄。1986年2月1日,墨脫縣劃歸林芝地區管轄。1988年撤區並鄉,共建立8個鄉、59個行政村。1988年5月,成立達木珞巴民族鄉。1999年,撤銷墨脫鄉,建立墨脫鎮。2015年3月,撤銷林芝地區,設立地級林芝市,墨脫縣屬林芝市轄縣。[2]