轉錄
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轉錄(英語:Transcription)是在RNA聚合酶的催化下,遺傳資訊由DNA複製到RNA(尤其是mRNA)的過程。作為蛋白質生物合成的第一步,轉錄是合成mRNA以及非編碼RNA(tRNA、rRNA等)的途徑。
真核生物合成蛋白質的轉錄過程以特定的單鏈DNA片段作為模板,RNA聚合酶作為催化劑,合成前mRNA,前mRNA經進一步加工後轉為成熟mRNA。轉錄時,DNA分子的雙鏈打開(是否需要DNA解旋酶仍存在爭議),在RNA聚合酶的作用下,游離的4種核糖核苷酸按照鹼基互補配對原則結合到DNA單鏈上,並在RNA聚合酶的作用下形成單鏈mRNA分子。
轉錄成RNA分子的DNA片段稱為轉錄單元,編碼至少一個基因。如果轉錄的基因編碼蛋白質,則會產生信使RNA(mRNA),這個mRNA又在轉譯過程中作為合成蛋白質的模板。基因還可能編碼非編碼RNA,例如小分子RNA,核糖體RNA(rRNA),轉運RNA (tRNA)或有催化作用的RNA分子核酶。
主要步驟
轉錄通常按以下步驟進行:
- RNA聚合酶與一種或多種通用轉錄因子一起結合DNA上的啟動子。
- RNA聚合酶產生一個轉錄泡泡,並通過打開互補DNA核苷酸之間的氫鍵分離DNA雙螺旋的兩條鏈。
- RNA聚合酶催化聚合核糖核苷酸(與模板DNA鏈的脫氧核糖核苷酸互補)。
- 在RNA聚合酶的作用下形成RNA糖—磷酸骨架,進而形成RNA鏈。
- RNA—DNA螺旋的氫鍵斷裂,釋放新合成的RNA鏈。
- 如果細胞有核,RNA可以進一步被處理。 這可能包括聚腺苷酸化,加帽和剪接等。
- RNA可以保留在核內或通過核孔複合物離開核進入細胞質。
具體來講,轉錄可分為啟動、延伸、終止三個階段[1]。
啟動
轉錄開始於RNA聚合酶與通用轉錄因子共同結合到模板DNA的啟動子序列上,形成RNA聚合酶-啟動子閉合複合物。
然後,RNA聚合酶在通用轉錄因子的協助下,暴露出大約14個鹼基對,形成RNA聚合酶-啟動子開放複合物。在開放複合物中,啟動子DNA部分解開為單鏈。 暴露的單鏈DNA被稱為「轉錄泡」。接着,RNA聚合酶選擇轉錄泡中的轉錄起始位點,結合起始NTP和與轉錄起始位點序列互補的延伸NTP(也可能是短RNA引子和延伸NTP),催化磷酸二酯鍵的形成,產生起始RNA產物。
原核生物的RNA聚合酶全酶由兩個α亞基、一個β亞基、一個β′亞基和一個σ亞基組成,其中σ因子協助RNA聚合酶識別並結合啟動子。[2]很多基因起始位點的上游擁有普里布諾盒基因序列(TATAAT),上游約35個鹼基處擁有TTGCCA共有序列,約40~60個鹼基處擁有一片富含A、T鹼基的區域,有助於加快轉錄速度。[1]
真核生物的轉錄起始上游區段比原核生物多樣化,轉錄起始時,RNA聚合酶不直接結合模板,其起始過程比原核生物複雜。[2]
轉錄的啟動還受到另外的蛋白質影響,如轉錄活化蛋白和阻遏蛋白。
前兩個NTP縮合成3′-5′磷酸二酯鍵後,RNA聚合酶脫離啟動子,啟動階段結束,進入延伸階段。
延伸
轉錄啟動後,DNA雙螺旋鏈解開,其中一條鏈作為模板鏈。隨着轉錄的進行,RNA聚合酶在DNA模板鏈上移動,根據鹼基互補配對原則合成RNA單鏈。轉錄的方向為3′→5′(對於DNA模板鏈)或5′→3′(對於合成的RNA鏈或DNA編碼鏈)。
細菌在37°C(98.6°F)下以42~54個核苷酸每秒的速度轉錄,而真核生物的轉錄速度大約是22-25個核苷酸每秒。[1]
終止
轉錄終止於DNA非編碼序列末端附近的終止子處。
細菌轉錄的終止有兩種方式:內源性終止(也稱內在型終止,本體轉錄終止或ρ-非依賴性終止)和ρ-依賴性終止。在內源性終止中,基因末端的反向重複序列使新轉錄的RNA序列摺疊成髮夾環,從而使RNA聚合酶脫落,轉錄產物被釋放。[3]ρ-依賴性終止子利用可在轉錄時主動展開DNA—RNA複合物的ρ因子,釋放新合成的RNA。[1]
真核生物轉錄過程的終止方式取決於其所使用的聚合酶的不同。RNA聚合酶I的終止機制與細菌的ρ-依賴性終止類似;而RNA聚合酶III的終止與細菌的內源性終止極為相似。有研究表明,多個胸腺嘧啶的終止信號引起RNA聚合酶III的失活,從而使延伸終止並將酶轉運至最近的RNA二級結構,進而促進酶的釋放。RNA聚合酶III和細菌的轉錄終止機制之間的相似性表明,這種依賴髮夾環的終止可以追溯到多亞基RNA聚合酶的共同祖先。[4]RNA聚合酶II的轉錄可以在非編碼序列的末端後持續數百甚至數千個核苷酸,它的終止更為複雜,涉及到新合成RNA的切割以及多腺苷酸化的過程。
抑制劑
抗生素可作為轉錄的抑制劑,包括抗細菌藥與抗真菌藥。以利福平為例,其通過結合DNA依賴性RNA聚合酶的β-亞基來抑制細菌轉錄;而8-羥基喹啉是真菌轉錄的抑制劑;組蛋白甲基化作用也可能會對轉錄有抑制作用。
歷史
方斯華·賈克柏(François Jacob)和賈克·莫諾(Jacques Lucien Monod)首先假設一種讓遺傳物質成為蛋白質的分子。 塞韋羅·奧喬亞(Severo Ochoa)於1959年獲得諾貝爾生理學或醫學獎,開發一種用多核苷酸磷酸化酶體外(In vitro)合成RNA的方法,該方法可用於破解遺傳密碼。 由RNA聚合酶合成RNA是由幾個實驗室在1965年以前在體外(In vitro)建立的; 然而,由這些酶合成的RNA具有表明存在正確終止轉錄所需的額外因子的特性[來源請求]。
1972年,Walter Fiers成為第一個真正證明終止酶存在的人。
羅傑·科恩伯格(Roger D. Kornberg)因其研究真核生物轉錄的分子基礎而獲得2006年諾貝爾化學獎[5]。
參見
參考文獻
- ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 DNA Transcription. [2018-10-01]. (原始內容存檔於2021-04-15) (英語).
- ^ 2.0 2.1 RNA的生物合成(转录). [2018-10-01]. (原始內容存檔於2018-10-01).
- ^ Bacterial Transcription Terminators: The RNA 3′-End Chronicles. [2018-10-01]. (原始內容存檔於2021-03-08) (英語).
- ^ Mechanism of Eukaryotic RNA polymerase III transcription termination. 2013-06-28 [2019-08-04]. doi:10.1126/science.1237934. (原始內容存檔於2021-02-07) (英語).
- ^ Chemistry 2006. Nobel Foundation. [March 29, 2007]. (原始內容存檔於2007-03-15).
外部連結
- (英文)Interactive Java simulation of transcription initiation. From Center for Models of Life at the Niels Bohr Institute.
- (英文)Interactive Java simulation of transcription interference--a game of promoter dominance in bacterial virus. From Center for Models of Life at the Niels Bohr Institute.
- (英文)Biology animations about this topic under Chapter 15 and Chapter 18 (頁面存檔備份,存於互聯網檔案館)
- (英文)Virtual Cell Animation Collection, Introducing Transcription (頁面存檔備份,存於互聯網檔案館)
- (英文)Easy to use DNA transcription site