生物分類學

生物分類學（英語：biotaxonomy）簡稱分類學（taxonomy），是關於生物個體的鑑定（identification）、歸類（classification）和命名（nomenclature）的原理和方法的學科；此三要件間有相互依存的關係。生物分類學範圍包括：研究生物類群間的異同程度，闡明生物間的親緣關係、演化過程和發展規律。^[1]

要將生物分類，首先要知道生物與非生物的定義，但是我們似乎沒有辦法準確定義，以病毒來說，雖然可在其他生物體內寄生並複製，但在生物體外卻沒有一般生物的特徵如製造或攝取營養，生殖等現象。又如引起瘋牛病的朊粒（prion）可以造成感染卻無DNA成分，一直以來，DNA被視為生命遺傳物質，經由與RNA的轉錄轉譯過程，形成蛋白質，再進一步形成組成細胞的各個部分，如細胞膜、胞器等，而細胞則是我們長久以來所認為組成生命體的最小單位。

生物命名規範

關於如何為生物命名的原則有很多國際協議，例如《國際植物命名法規》（International Code of Botanical Nomenclature，簡稱ICBN）、《國際動物命名法規》（International Code of Zoological Nomenclature，簡稱ICZN）以及《國際細菌命名法規（英語：International Code of Nomenclature of Bacteria）》（International Code of Nomenclature of Bacteria，簡稱ICNB）。第四版的生物命名法規（BioCode）草案在2000年出版，它試圖在5個領域標準化命名，但現在還沒有被正式採納。《國際病毒命名和分類法規》（International Code of Virus Classification and Nomenclature，簡稱ICVCN）是屬於生物命名法規的。

生物分界(kingdom)和域(domain)

傳統上，生物分為五界(kingdom)，

原核生物界(bacteria) -- 原生生物界(protista) -- 真菌界(fungus) -- 植物界(plant) -- 動物界(animal)

Copeland提出過四界說：

原核生物界 -- 原生生物界 -- 植物界 -- 動物界

也有人使用三域系統說。這種分類方法是依據細胞是否有核以及細胞膜和細胞壁的差異。

古菌域(archaea) -- 細菌域(bacteria) -- 真核域(eukaryota)

另有一些不屬於上述所有分類的介於生物和非生物之間的生命形式，即只能寄生於細胞內的病毒，而它們在細胞外並不表現出活躍的生命形式。

病毒 -- 類病毒 -- 朊粒

卡爾·林奈 1735^[2]	恩斯特·海克爾 1866^[3]	埃德·查頓（英語：Édouard Chatton） 1925^[4]	赫伯特·科普蘭（英語：Herbert Copeland） 1938^[5]	羅伯特·魏泰克 1969^[6]	卡爾·烏斯 et al. 1990^[7]	湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯 1998^[8]
2 界	3 界	2域系統（英語：two-empire system）	界 (生物)	界 (生物)	三域系統	界 (生物)
（未論述）	原生生物	原核生物	原核生物界	原核生物界	細菌	細菌
		原核生物	原核生物界	原核生物界	古菌	細菌
		真核生物	原生生物	原生生物	真核生物	原生動物
			原生生物	原生生物		色藻界
植物	植物		植物	植物		植物
植物	植物		植物	真菌		真菌
動物	動物		動物	動物		動物

分類表

生物分類總表

這個列表以NCBI Taxonomy （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）上的分類爲基礎^{[註 1]}。

真菌/後生動物組

真菌/後生動物組除動物界和真菌外，還包含領鞭毛蟲、魚醉菌等。

動物界

即「後生動物」組。

真菌界

包括子囊菌、擔子菌、接合菌、壺菌、聚合菌和微孢子蟲。

其餘真核生物（原生生物和真核藻類）

真核生物除動物、植物、真菌三界之外統稱原生生物，爲並系群。

等輻骨蟲綱（Acantharea），如等棘蟲。
放射蟲綱
雙滴蟲類（Diplomonadida），如曲滴蟲、賈第蟲。
Parabasalidea
- 毛滴蟲綱（Trichomonada）
- 超鞭毛綱（Hypermastigia）
異葉足綱（Heterolobosea），如集胞菌。
眼蟲門
- 動質體目（Kinetoplastida）
- 眼蟲綱
隱藻綱（Cryptophyta）
定鞭藻綱（Haptophyceae），如球石藻、等鞭金藻、棕囊藻。
不等鞭毛類，除下列分類還包括輻球蟲、蛙片蟲等。
- 金藻綱
- 矽鞭藻綱（Dictyochophyceae）
- 針胞藻綱（Raphidophyceae）
- 前毛壺菌綱（Hyphochytriomycetes）
- 卵菌綱
- 褐藻門，如海帶、巨藻、馬尾藻、墨角藻。
- 硅藻門
- 黃藻門
囊泡蟲類
- 頂複門，如瘧原蟲。
- 纖毛蟲類，如喇叭蟲、中縊蟲、榴彈蟲、草履蟲、四膜蟲。
- 甲藻門
單孢子蟲門（Haplosporidia）
絲足蟲類
根腫菌類（Plasmodiophorida）
粒網足蟲類（Granuloreticulosea），如有孔蟲。
葉足綱（Lobosea），如變形蟲（阿米巴）。
黏菌門
灰胞藻綱（Glaucocystophyceae）
紅藻門，如石花菜、紫菜。

註：以上真核生物列表不完全，尚包括有其他一些未歸類原生生物。

參見

註釋

^ 其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意區別。

參考文獻

^ 中国大百科智慧藏：分类学. [2019-07-30]. （原始內容存檔於2020-10-06）.
^ Linnaeus, C. Systemae Naturae, sive regna tria naturae, systematics proposita per classes, ordines, genera & species. 1735.
^ Haeckel, E. Generelle Morphologie der Organismen. Reimer, Berlin. 1866.
^ Chatton, É. Pansporella perplexa. Réflexions sur la biologie et la phylogénie des protozoaires. Annales des Sciences Naturelles - Zoologie et Biologie Animale. 1925, 10–VII: 1–84.
^ Copeland, H. The kingdoms of organisms. Quarterly Review of Biology. 1938, 13: 383–420. doi:10.1086/394568.
^ Whittaker, R. H. New concepts of kingdoms of organisms. Science. January 1969, 163 (3863): 150–60. Bibcode:1969Sci...163..150W. PMID 5762760. doi:10.1126/science.163.3863.150.
^ Woese, C.; Kandler, O.; Wheelis, M. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya.. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 1990, 87 (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. PMC 54159 . PMID 2112744. doi:10.1073/pnas.87.12.4576.
^ Cavalier-Smith, T. A revised six-kingdom system of life. Biological Reviews. 1998, 73 (03): 203–66. PMID 9809012. doi:10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x.

[9] 其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意區別。

[1] 中国大百科智慧藏：分类学. [2019-07-30]. （原始內容存檔於2020-10-06）.

[Linnaeus1735-2] Linnaeus, C. Systemae Naturae, sive regna tria naturae, systematics proposita per classes, ordines, genera & species. 1735.

[Haeckel-3] Haeckel, E. Generelle Morphologie der Organismen. Reimer, Berlin. 1866.

[Chatton1925-4] Chatton, É. Pansporella perplexa. Réflexions sur la biologie et la phylogénie des protozoaires. Annales des Sciences Naturelles - Zoologie et Biologie Animale. 1925, 10–VII: 1–84.

[Copeland1938-5] Copeland, H. The kingdoms of organisms. Quarterly Review of Biology. 1938, 13: 383–420. doi:10.1086/394568.

[Whittaker1969-6] Whittaker, R. H. New concepts of kingdoms of organisms. Science. January 1969, 163 (3863): 150–60. Bibcode:1969Sci...163..150W. PMID 5762760. doi:10.1126/science.163.3863.150.

[Woese1990-7] Woese, C.; Kandler, O.; Wheelis, M. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya.. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 1990, 87 (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. PMC 54159 . PMID 2112744. doi:10.1073/pnas.87.12.4576.

[CavalierSmith2004-8] Cavalier-Smith, T. A revised six-kingdom system of life. Biological Reviews. 1998, 73 (03): 203–66. PMID 9809012. doi:10.1111/j.1469-185X.1998.tb00030.x.

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[註 1]

閱論編生物分類學（科學分類法）
分類階層	域界門綱目科屬種亞種
林奈氏分類系統	非細胞生物原核生物真核生物動物真菌植物原生生物藻類
五界說	原核生物界原生生物界真菌界植物界動物界
四界法	菌界原生生物界植物界動物界
三域系統	細菌域古菌域真核域
親緣分支分類法	系統發生樹

閱論編系統發生學
相關領域	計算系統發生學（英語：Computational phylogenetics）分子系統發生學支序系統學生物分類學系統分類學演化分類學（英語：Evolutionary taxonomy）
基本概念	系統發生（分支發生（英語：Cladogenesis））系統發生樹（支序圖）演化網絡長枝吸引效應演化支和演化級（英語：Evolutionary grade）譜系（英語：Lineage (evolution)）（幽靈譜系（英語：Ghost lineage））幽靈種群（英語：Ghost population）
推理方法	最大簡約法機率法（最大似然估計貝葉斯法）距離矩陣法（英語：Distance matrices in phylogeny）（鄰近連接法不加權算術平均連鎖法（英語：UPGMA）最小二乘法（英語：Least squares inference in phylogeny））三元分析（英語：Three-taxon analysis）系統發生包圍法（英語：Phylogenetic bracketing）系統發生和解（英語：Phylogenetic reconciliation）
前沿課題	生物譜系命名法（英語：Phylogenetic nomenclature）（《國際系統發生命名法規（英語：PhyloCode）》） DNA 條碼系統發生比較方法（英語：Phylogenetic comparative methods）系統發生生態位保守性（英語：Phylogenetic niche conservatism）系統發生信號（英語：Phylogenetic signal）系統發生軟件（英語：List of phylogenetics software）系統發生基因組學（英語：Phylogenomics）親緣地理學
類群特徵	原始特徵（英語：Primitive (phylogenetics)）（祖徵／共有祖徵（英語：Plesiomorphy and symplesiomorphy））衍生特徵（衍徵／共有衍徵自有衍徵（英語：Autapomorphy））
類群性質	單系群並系群多系群（複系群）
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