免疫沉澱
免疫沉澱（Immunoprecipitation, IP）是水溶性抗原遇到特異性抗體，結合而形成抗原-抗體複合物在水溶液中沉澱的現象；其可作為一種研究蛋白質間交互作用的生物技術，這種技術是利用抗體與蛋白質的可溶性抗原，進行特異性結合且產生可見的沉澱，來檢測並定量特定的抗原。
利用免疫沉澱，可將含有上千種不同蛋白質的樣品中，分離和濃縮出特定蛋白質。進行免疫沉澱分析法時，抗體常需固定在一個固相基質上。
類型
單個蛋白質免疫沉澱（IP）
使用特定蛋白質的特異性抗體從含有多種不同蛋白質的溶液中分離出該蛋白質。這些溶液通常為植物或動物組織的粗裂解物。其他樣品類型可能是體液或其他生物來源的樣品。
蛋白質免疫共沉澱（Co-IP）
免疫共沉澱的基礎是特異性抗體與一種已知蛋白質的專一性結合，用來研究蛋白質之間的相互作用。當細胞在非變性條件下被裂解時，存在許多蛋白質複合體，其中的蛋白質－蛋白質間的相互作用被保留了下來。通過抗體與複合體中一種蛋白質的結合，可以使多種蛋白質共同沉澱，將複合體中的多個組成部分從溶液中「拉出」。
- 抗體通常會選擇表位暴露的靶蛋白亞群，因此無法識別表位隱藏在複合物內部的蛋白質。因此，有時即使使用過量的抗體，也只能沉澱出很少量的蛋白質。
- 如果連續進行多次免疫共沉澱，識別出的蛋白質數量可能會不斷增加。這些蛋白質可能永遠不會同時組成單一的複合物，而是可能代表了一個蛋白質相互作用的網絡，在不同的時間與不同的蛋白質發生相互作用。因此，研究人員可以針對蛋白質複合物中的多種組成部分重複實驗。每一次實驗除了靶向蛋白質外，都應該還得到蛋白質複合物中的其他組分。如果一種蛋白質不能在重複實驗中被沉澱，那麼不能確定它是否為複合物的組成部分之一。
染色質免疫沉澱（ChIP）
染色質免疫沉澱技術是一種研究DNA-蛋白質相互作用的分析手段，被用於確定目標蛋白質的DNA結合位點在基因組上的位置。 該方法的原理是細胞中的DNA結合蛋白（包括轉錄因子和組蛋白）可以與它們結合的DNA交聯。常用的交聯劑是甲醛。交聯後將細胞裂解，DNA通過超聲處理分解成0.2-1.0 kb長的片段。然後通過使用針對DNA結合蛋白的特異性抗體，可以從細胞裂解物中免疫沉澱出蛋白質-DNA複合物。加熱純化的蛋白質-DNA複合物以解除蛋白質和DNA複合物的交聯，從而使DNA與蛋白質分離。然後通過聚合酶鏈式反應(PCR)確定的DNA 片段的序列信息和數量。
RNA免疫沉澱（RIP）
RIP技術通過使用特定抗體，富集含有與目標RNA結合的蛋白質的RNA分子並進行分析，從而確定RNA與蛋白質的相互作用。RIP的原理與ChIP類似。