福州航空航点
截至2019年3月31日[1]，福州航空现时运营的航点如下表所列[2]。此外，福州航空还与海南航空开展代码共享合作，间接提供往来于北京首都国际机场的客运服务。
| [枢纽] | 枢纽机场 |
| [重点] | 重点机场 |
中国大陆境内航点
| 省/直辖市/自治区 | 航点 | 机场 | IATA | ICAO | 备注/航班号（仅显示福州出发航班号） |
|---|---|---|---|---|---|
| 福建 | 福州 | 长乐国际机场[枢纽] | FOC | ZSFZ | 基地机场 |
| 黑龙江 | 哈尔滨 | 太平国际机场[枢纽] | HRB | ZYHB | FU6652 FU6656 FU6736 基地机场 |
| 海南 | 海口 | 美兰国际机场 | HAK | ZJHK | FU6609 FU6531 |
| 陕西 | 西安 | 咸阳国际机场[重点] | XIY | ZLXY | FU6588 FU6611 FU6593 |
| 湖北 | 宜昌 | 三峡机场 | YIH | ZHYC | FU6593 |
| 天津 | 天津 | 滨海国际机场 [重点] | TSN | ZBTJ | FU6556 FU6619 FU6569 |
| 内蒙古 | 海拉尔 | 呼伦贝尔机场 | HLD | ZBLA | FU6715 |
| 海南 | 三亚 | 凤凰国际机场 | SYX | ZJSY | |
| 广西 | 桂林 | 两江国际机场 | KWL | ZGKL | FU6559 |
| 云南 | 昆明 | 长水国际机场 | KMG | ZPPP | FU6509 |
| 宁夏 | 银川 | 河东机场 | INC | ZLIC | FU6517 FU6715 |
| 贵州 | 遵义 | 遵义新舟机场 | ZYI | ZUZY | FU6559 FU6563 |
| 山西 | 太原 | 武宿国际机场 | TYN | ZBYN | FU6517 FU6623 |
| 贵州 | 贵阳 | 龙洞堡国际机场 | KWE | ZUGY | FU6511 |
| 内蒙古 | 呼和浩特 | 白塔国际机场 | HET | ZBHH | |
| 山东 | 青岛 | 流亭国际机场 | TAO | ZSQD | FU6561 |
| 河南 | 郑州 | 新郑国际机场 | CGO | ZHCC | FU6529 |
| 广东 | 揭阳 | 揭阳潮汕机场 | SWA | ZGOW | FU6549 |
| 重庆 | 重庆 | 江北国际机场 | CKG | ZUCK | FU6507 |
| 黑龙江 | 满洲里 | 栎社国际机场 | NGB | ZSNB | |
| 浙江 | 宁波 | 栎社国际机场 | NGB | ZSNB | |
| 上海 | 上海 | 浦东国际机场 | PVG | ZSPD | FU6519 |
| 广西 | 南宁 | 吴圩国际机场 | NNG | ZGNN | |
| 甘肃 | 兰州 | 中川机场 | LHW | ZLLL | FU6711 |
| 福建 | 泉州 | 泉州晋江机场 | LHW | ZLLL | |
| 广西 | 桂林 | 两江国际机场 | KWL | ZGKL | FU6559 |
| 辽宁 | 大连 | 中川机场 | LHW | ZLLL | FU6553 |
| 广东 | 深圳 | 宝安国际机场 | SZX | ZGSZ | |
| 安徽 | 安庆 | 安庆天柱山机场 | AQG | ZSAQ | FU6736 |
| 内蒙古 | 包头 | 包头二里半机场 | BAV | ZBOW | |
| 浙江 | 舟山 | 舟山普陀山机场 | HSN | ZSZS | FU6601 |
| 湖南 | 长沙 | 黄花国际机场 | CSX | ZGHA | FU6563 |
| 山东 | 临沂 | 临沂沭埠岭机场 | LYI | ZSLY | FU6569 |
| 陕西 | 汉中 | 汉中城固机场 | HZG | ZLHZ | |
| 河南 | 洛阳 | 洛阳北郊机场 | LYA | ZHLY | |
| 江西 | 赣州 | 赣州黄金机场 | KOW | ZSGZ | |
| 广东 | 梅州 | 梅州梅县机场 | MZX | ZGMX | |
| 安徽 | 池州 | 池州九华山机场 | JUH | ZSJH | |
| 山西 | 忻州 | 忻州五台山机场 | WUT | ZBXZ | |
| 江苏 | 南通 | 南通兴东机场 | NTG | ZSNT | FU6623 |
| 北京 | 北京 | 首都国际机场 | PEK | ZBAA | FU7195 FU7695（代码共享，海南航空承运） |