种痘所（日语：しゅとうしょ）是日本为天花预防及治疗之目的所设立的医疗机关。特别是1858年所开设的“玉池种痘所”（东京大学医学部发祥地）是比较有名的种痘所。
日本最初的种痘所、是1849年7月20日由德国医生奥图·高特列·莫你克（德语：Otto Gottlieb Mohnike）在长崎所开设。之后、由佐贺藩主锅岛直正将痘苗送给江户佐贺藩医及京都日野鼎哉。再由这个痘苗分苗出去、于关东、东北、关西各地开设种痘所。
东京大学源流与前身诸机関 | |
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| 江户时代・幕末维新期 | 【洋学】天文方⇒蛮书和解御用⇒蕃书调所⇒开成所⇒开成学校⇒大学南校⇒东京开成学校⇒（1877年设置）法科大学・理科大学・文科大学 【西洋医学】种痘所⇒（幕府移管）西洋医学所⇒医学所⇒军阵病院⇒医学校⇒大病院⇒医学校兼病院⇒大学东校⇒东京医学校⇒（1877年设置）医科大学 【汉学】昌平坂学问所（昌平黉）⇒昌平学校⇒大学校⇒大学本校⇒（1870年结束、翌年废止） 【外国语】开成学校等⇒（1873年设立）东京外国语学校（旧外语）⇒（1874年分离设立）东京英语学校⇒（1877年设置）大学预备门 【法学】司法省明法寮⇒法学校正则科（司法省法学校） 【工学】工部省工学寮⇒工学校⇒工部大学校 【农学】内务省农事修学场 |
| 旧“东京大学”期 （1877年 - 1886年） | |
| “帝国大学”期 （1886年 - 1897年） | |
| “东京帝国大学”期 （1897年 - 1947年） | |
| 旧制“东京大学”期 （1947年 - 1949年） | |
| 新制“东京大学”期 （1949年 - ） | （1949年设置）东京大学法学部・医学部・工学部・文学部・理学部・农学部・经济学部・教养学部・教育学部 【药学】医学部药学科⇒（1958年新设）药学部 |
| 2010年现在学部 | |
