萬應奎(?—1622年),明代江西南昌府人。
早年举人出身。任贵州安化县知县。有《诫子书》云:“洁己爱民四字,时时在心,汝等各完各业,不得以我为倚靠。”天启二年(1622年),有賊圍省城。萬應奎負責運送馈饷,中途被执,骂贼而死。赠光禄寺少卿。