Mega Drive Mini的内载游戏也并非直接复制原始程序,一些游戏借机进行了修正当年一些缺点,或是改为适合现代液晶显示器的画面调整,使其收藏价值增加,同时有几款当年种种因素并未上市或是属于通信传送游戏而未有卡带生产,之后随着通信传送这一游戏方式迅速消失而失传的游戏,也重现于此一游戏机上供收藏者永远保存。但此次推出的美版、亚版、日版三种主机内含游戏略有不同,有一考量是许多文字类游戏日文的因素所以在美版和亚版中换成了动作型游戏让外国玩家能较适用,但也是一种行销手段所以想收集齐全全部游戏者可能必须买下三种版本主机。[3][4]